一位训练有素的音乐家的手指，是在他读乐谱的时候自动弹奏正确的音键的，他不需要就此思考。
反过来，负责监视和督促自我的超我却是无意识的，而且对管理我们的社会行为至关重要。它在自我之中作为俄狄浦斯的后果而发展，在这个时候，已经与同一性别的父母产生认同的孩子会接受父母的训谕和信仰，并使这些东西成为自己的一部分。通过认同，像“你不能”，“你应该”等的命令都转变成“我不能”，“我应该”。第一道命令与俄狄浦斯情结有关，可同一机理会把所有的道德价值转变成内化和自我谨记的教条。这些东西集合起来形成“自我理想”，或者叫超我，即我们平常所说的良心。道德话题是由自我在意识范围内进行比量的，超我会唤起一种强烈的“应该”和“不应该”感觉。一个在救生艇上漂浮的人，他的自我可能会推想，把食物和水递给一个行将死去的同伴可能是个浪费，甚至导致两个人都死亡。超我却会胜过自我，坚持分享剩下的东西。
早些时候，弗洛伊德曾坚持说，超我在女孩中的发展与男孩子情况下的发展非常接近。后来，如我们所见，他慢慢认识到，女孩子没有阉割焦虑，她的俄狄浦斯危机感没有那么紧张，因此在她们的一生中，超我和道德感因此也少得多。（奇怪的是，他表达了家长观点的这篇论文，是在他的要求下，由他最喜欢的女儿，心理分析师安娜·弗洛伊德，在1925年的国际心理分析大会上代他宣读的。）
这样一来，个人的行为就是精神里面的三个机关互相作用的结果。本我寻找最直接的欲望满足，自我使用现实原则思维来压抑这个冲动，并寻找可接受的方式来满足这个欲望，而超我是通过已经溶入无意识之中的父辈的教诲来施加控制的。当本我的力量强得自我和超我都无法控制的时候，这个人的行为要么就呈病态的，要么就去犯罪。当超我太强，超出自我时，这个人就会充满负罪感、挫折感，对别人一幅道德面孔或者惯于迫害别人。在健康的人身上，自我会控制这个系统，寻找让本我得到充分满足的各种方法，但并不是以招致从愤怒的超我那里得来的沉重的负罪感为代价的。
本能理论：
弗洛伊德心中的“本能”与生物学家眼里的概念不一样：它是指以代码形式编入基因之中的一些具体的行为形式——如蜘蛛结网，鸟儿筑巢——这些行为形式他是用德语词instinkt来表达的。可这个德语词在标准版中翻译成“本能”意义的是trieb，它有“冲动”、“变动的力量”或者“驱动力”的意思。
在弗洛伊德的早期著作中，他曾假定，与嘴唇、肛门和性器官相关的性本能构成精神力量的总和。可是，他后来对“重复的强迫性冲动”（重复自我打击或者痛苦行为的趋向）的研究，加上第一次世界大战可怕的一些事件扩大了他的思路。他逐渐相信，还有一种毁灭本能。当这种本能向外导出时，它以侵略的形式出现，如果受阻，它会锁定在内心，向里发展，如在重复的强迫性冲动中所表现的样子。
因此，他形成了一个双重本能的理论：生存本能，或者依洛斯，由所有的生存保护冲动构成，其中就有性驱动力；再就是死亡本能，或者坦那托斯，它包容了所有导向敌意、虐待狂和侵略——他甚至小心地提议还有一种导向自我死亡的神秘冲动。一般来说，这最后一种本能的冲动比生存冲动要弱得多，但表现却难得多，可是，在弗洛伊德看来，对于受虐狂现象和其它一些与快乐原则相左的行为来说，这是惟一可能提供解释的办法。
焦虑、症状和自卫：
弗洛伊德原来的想法是，精神性焦虑及其症状——跟一个人在面对现实世界中一个危险境地时产生的真实的焦虑感相对——是从压抑下去的性本能中受阻的力量中产生的：没有释放出去的性紧张感会生成焦虑。可是，收集到临床数据后，他形成了更为复杂的解释，并在这个基础之上总结了俄狄浦斯情结及其解决办法的理论，并把这个理论扩展开来，用以解释其它一些精神性的焦虑形式。作为一个幻想或者大胆行动进入意识的本能欲望会形成对伤害的预见。这会引起儿童感到不可忍受的焦虑，而自我为了保护它自己就会压抑这个本能欲望，此时，焦虑就会消失。
可是，精神怎样能够渲泄这憋足了劲的能量，怎样消解没有得到满足的本能需要制造的令人不快的紧张感呢？精神怎样阻止它突破重围进入意识之中呢？有一个解决办法——弗洛伊德在他的精神病人当中看到的一种有缺陷和病源性的办法——这就是病症的形成：
受到压抑的不利影响会从本能冲动中产生一个病症……本能冲动找到了一个与压抑相对的替代物，可这是一个逊色不少、移位和受到禁止的替代物，它作为一种满足已经无法辨认。当替代性的冲动实现的时候，没有什么快感可言，反过来，它的实现有强迫性的冲动性质。
他举了最为著名的一个病案，即小汉斯的病案。这个孩子在俄狄浦斯阶段时产生了一个使他不能上街的恐惧感。他害怕马（当时街上到处都是马），他认为马会咬他。弗洛伊德说，他不能够外出的原因，是因为这是“自我施加的一道限制，以避免激起焦虑病症”。可是，害怕被马咬这个恐惧从何而来？经分析，追踪到了小汉斯的俄狄浦斯欲望，即他想干掉父亲的愿望，结果，他害怕父亲会伤害他。他没有能够找到一个健康的办法来解决这个问题，反而移位到马身上（很有意义的是，他父亲以前常爱扮马让他骑），并把这个阉割恐惧转变成怕马咬。
简单说，不能允许的一个愿望，如果被压抑下来，又以不当的方式加以处理，就会变成精神病症。这个病症对患者来说是沉重的，可并没有它所释放的焦虑所造成的代价大：
广场恐惧症患者可能会是在街上受到焦虑袭击的，这就可能在以后反复在街上发作。他现在会形成广场恐惧症的病症，这也可能被描述成一种禁忌，一种自我功能的限制，通过这个限制，他就可以避开焦虑的袭击。我们可以在病症形成的时候加以干扰，这样就可以看见其相反的一面。比如，我们可以用迷恋来干扰他。如果我们阻止一位病人，不让他完成自己的洗涤仪式，他就会陷入无法忍受的焦虑之中，很明显，他一直就是靠病症来保护自己的。
因此，压抑是针对所有容易产生焦虑的愿望、记忆或者感觉的基本防卫办法，也正是心理结构的基石。它是在无意识的情况下发挥作用的。一个小孩子可能压抑了自己希望自己的小弟妹死去的愿望而不自知，如果有人暗示这一点，他会作出嘲笑或者愤怒的反应。（压抑是不同的精神动作，它是对一个不能得到许可的欲望的有意识的控制，一个人可能希望自己避开实现这个欲望，可这不一定就能去除焦虑。）如在俄狄浦斯冲突中，压抑可能会导致精神病的发作可通常又没有发作，精神找到了一个替代的方式来处理受压抑的材料。它是通过一系列别的防卫办法来实现这一点的——这里，一切又是在无意识中进行的——它会把不能接受的东西变成可以接受的东西。弗洛伊德曾说，有“很多的办法（或者如我们所说的机制）可以让自我去发挥其防卫性作用”，他列举了一些例子，并让读者去看其女儿安娜·弗洛伊德针对防卫机制更为详尽的处理办法。在他所列举和安娜讨论过的常见防卫性办法中，以下这些是最为常见的：
否认，这是相对原始的一种防卫办法，一个人只是简单地不接受或者不承认容易产生焦虑的现实。一位伺候行将过世的丈夫的女人，可能会告诉自己说（尽管所有的证据都不是如此），他很快会恢复过来，或者，她也有可能说，“我希望让他尽量多活一些日子”，可实际上，她在无意识里却希望这一切早点过去。一位吸烟的人可能会相信，所有证明抽烟与癌症有关的一些证据都可能是有误的，或者，他会想，自己的家族中还没有因抽烟而殒命的。
合理化——这是更为复杂一些的否认版本。一个人本来出自一种动机从事某事，却找到另一个动机来说明它的公正性。一位小气的人可能会说，时势未定，我只不过是在小心行事而已。一位受尽折磨的女人自信心很差，她的依赖性太强，无法离他人而独立，她说，之所以与辱没她的情人或者丈夫生活在一起是因为她爱他。反应形成一这一步走得较远，夸大，展示，让所有人都看见与压抑下去的特征相反的那一个特征。一个压抑了同性爱愿望的人可能会以异常的形式表现自己，并对同性恋者实施人身攻击。有可能变成声色犬马之徒的一个人可能会革心洗面，或者成为性爱艺术和性爱文学的死敌。
移位——它会把压抑起来的感情导向一个可接受的替代物。一位对父亲过分依恋的女人可能会选一个与父亲年龄差不多的男人做丈夫。一个埋藏了对专权的父亲的深刻仇恨的男人可能会成为一个长期的反叛者，一辈子与任何形式的专权者争斗不息。
智力化——这可以通过选择一门对某个不允许的欲望，一种痛苦的失落，或者类似的学科的极大的兴趣，从而达到排谴焦虑的目的。一个压抑了施虐狂冲动的人可能会成为专事施虐狂或者迫害者研究的社会科学家。弗洛伊德的同代人哈弗洛克·埃利斯虽然一辈子没有能够有性生活，但他却写了一大批有关正常及异常性行为的学术作品。