布吕克比弗洛伊德长近4o岁——如他自己的父亲一样——他对自己这位聪明的年轻学生产生了个人兴趣，并成了弗洛伊德科学上的师长和生活中的父兄。弗洛伊德后来说，布吕克“在我的一生中的重要程度胜过任何人”。这句话，对一位花了近50年时间形成一门与布吕克完全不一样的主观内省心理学的人来说，确属不易。
可是，弗洛伊德对内省法的关心还是以后发生的事情。他作为一位严肃认真，勤奋好学的医学学生，还没有时间或者兴趣来研究内视心理学。的确，他被生理心理学深深吸引，甚至推迟自己的医学研究而去布吕克的生理研究院进行研究工作。在这里，人们想象总会躲在一张躺椅后面听精神病人唠叨的这个人，把6年的大部分时间花在实验室的工作台上，解剖鱼类和龙虾，追寻它们的神经通路，透过显微镜观察神经细胞。
他醉心于学术上的生理心理学，希望成为一名生理学家而进行纯粹的研究。可布吕克却建议他不要这样做。弗洛伊德没有钱——他还住在家里，靠他父亲供养——当时，从事纯科学研究对一个没有额外进项的人来说是不可能的，除非他能够指望在学术上取得很高的地位，对于一个犹太人来说，他不可能做到这一点。弗洛伊德放弃了这个梦想，勉强完成了医学课程，1881年拿到了硕士学位。
他在这个研究院呆了一段时间，可第二年，他邂逅并爱上了妹妹的一个朋友，是位名叫玛莎·柏恩雷的姑娘，不久就提出了结婚的事情。她被这位偏黑的年轻漂亮医生所吸引，并接受了他的求爱，不过，他只能在自立并保障一个妻子和家庭的生活之后才能结婚。对他最为合适的可行办法是去一家私立诊所，可他需要在一个他可以忍受的专业当中获取临床经验和培训。神经学是离神经科学最近的一个专业，因此，他离开了布吕克的学院，加入了维也纳总医院，在当时世界最有名的脑解剖学家西奥多·梅那特的指导下学习。在接下来的3年时间里，他对诊断不同类型的脑损伤和脑部疾病有了相当的专业经验。
（在这期间，几乎每个人都知道，弗洛伊德进行了可卡因的短期试验。他自己使用了可卡因，并在医学圈里鼓吹它的止痛和抗抑郁作用，直到发现一位上了瘾的朋友遭受其毁灭性的毒害之后，他才戒掉了。可是，为时已晚，他已经在当时的维也纳医学圈子里遭到了怀疑。）
他在总医院的艰苦工作是孤独而令人倒志的；玛莎·伯恩雷跟她母亲一起生活在汉堡，而弗洛伊德很长时间才能偶尔看一看他的情人，再后来在一起的时间就越来越短了。他们靠鸿雁传书，几乎每天一封，他在情意绵绵、充满爱意的长篇情书里把自己称作在私营医院的神经科学家，西格蒙·弗洛伊德博士，薪水很多，幸福地与心爱的玛莎结婚成家。只在很少几封信中，他才透露出了内心的狂乱（例如：“一直以来，我感到无所适从，接着是没完没了的情绪低落，一天接着一天，像是一种反复发作的疾病，看不出有什么明显的原因。”）可是，信中没有任何暗示，预示他日后会搜寻自己的灵魂，以理解自己感到压抑的根源所在，也不曾有一丝迹象预兆他在思想和生活当中都会让深层心理学胜过神经学。
催眠医师
弗洛伊德步入自己独特的职业生涯，缘自与约塞夫·布罗伊尔之间的友谊跟合作，后者是位成功的医生和生理学家，比他大14岁，是通过布吕克认识的。虽然岁数和地位各有悬隔，可布罗伊尔和弗洛伊德依然成了莫逆之交。弗洛伊德经常造访布罗伊尔。他们的友谊在弗洛伊德于总院获取了医学经验之后更是上了一层楼，他们甚至经常谈到一些病案。
1882年11月，布罗伊尔告诉弗洛伊德说，他的一个病人，一位年轻的妇女，患有歇斯底里症，他已经为她治疗有一年半了。这位妇女在历史上有一个个案研究的假名叫安娜·欧，她就是贝尔塔·帕本海姆，她的父母是富有的犹太人，她还是玛莎·伯恩雷的一个朋友，是个娇生惯养的姑娘。弗洛伊德受这个病案的吸引，让布罗伊尔详细透露了病情，并在数年后与布罗伊尔一起写了一份报告，就是经常被称作心理分析学的第一份个案报告，不过，这只不过是一粒种子而已，心理分析学生根发芽开始成长是从这里开始的。
贝尔塔·帕本海姆是位漂亮而有头脑的21岁姑娘，她深深地迷恋着自己的父亲，在他生病期间仔细照料他，直到她因严重的歇斯底里症而病倒在床，她失去了胃口，肌肉无力，右臂麻痹，还有一紧张就咳的严重毛病。她的父亲两个月后故去了，她的病情也更加严重了。她有遇见黑蛇和骷髅的幻觉，语言发生障碍（有时候，她不能讲德国母语，但是却能说英语、法语或者意大利语），哪怕渴得要死她也不能喝水，还有一阵阵的“缺失”，或者晃若梦中的时空错觉，她把它叫做“时间消失”。
布罗伊尔告诉弗洛伊德说，他一直定期为她看病，可无能为力，直到有一次碰巧撞上了很奇怪的一种新方法。在她发生“缺失”的时候，她常会呢喃地说出一些从一长串思想当中冒出来的词，而布罗伊尔发现，给她稍加催眠的话，他就可以让她以这些词为起点，为他重现他思想意识里的一些图景和幻想故事——这之后，很奇怪，她会有好几个小时不再有精神混乱。第二天，她也许又会进入另一种缺失，可布罗伊尔又可以通过稍加催眠而驱赶走这种缺失。她把它叫做“谈话疗法”或者有时候叫“扫烟囱”。
布罗伊尔告诉弗洛伊德说，谈话疗法比暂时使其脱离精神混乱的意义大得多，如果他可以让她在催眠状态下回忆起某种特殊的症状最早是在什么时候，以什么样的方式出现的话，这种症状就会消失。例如，有一次，她追踪自己为什么不能喝水，想起以前某个时候曾看见一条小狗在水杯里喝水，因此而十分恶心。她醒过来以后，就可以喝水了，这个症状再也没有出现过。同样地，谈话疗法还使她摆脱了右臂麻痹——她想起来，有一次，她在照顾父亲的时候，她的那只肢膊垂在椅背后面麻痹了，这之前，她曾做过一个梦，梦见一条黑蛇向她爬来而她却不能用胳膊赶走它。
通过这个方法，布罗伊尔一个接一个地攻下了她的病症并控制了所有的病情。可是，有一天夜晚，他发现她又一次发生了混乱，因腹部痉挛而疼得打转。他问她是什么毛病。“布医生的孩子要出生了。”她说。他惊愕地意识到，她正经历着歇斯底里的怀孕幻想，是从有关他的狂想中产生的。他突然把她交给了一位同事，与妻子一起外出旅行，不再管柏莎·帕彭海姆的病案了。
事实上，她并没有从谈话疗法的宣泄中康复过来，而只是暂时性地消除了症状。这提醒弗洛伊德在几年以后发现，这些病人不仅仅需要回忆起引发了各个症状的事件，他们得寻找隐藏在其背后的一些意义。他将发现，在大多数情况下，这些症状的背后是有关性欲的，如在“布医生的孩子”情节中一样。可是，布罗伊尔对性欲这个话题深感不安，尽管在歇斯底里的怀孕情节发生时，他已经“掌握了那个钥匙”（如弗洛伊德后来在给朋友的信中写道），“他把钥匙丢掉了……（井）因为传统原因而害怕，选择了走为上计的办法。”
（贝尔塔·帕本海姆在精神病院呆了一段时间，最终在那里治好了病。她继而走上了一条成功的事业之路，先在一家孤儿院当养母，后在一个专为未婚母亲和少年妓女服务的机构当领导，再后成为一项长期保护“濒危少女”运动的领袖。她从未结婚，也没有有记录的爱情生活，在她的歇斯底里之下的性问题没有得到根治却得以升华——这个过程弗洛伊德会在以后详细说明——在为沦落女子服务的工作中得以升华。）
1886年，布罗伊尔告诉他有关这个病案的事情4年之后，当时31岁的弗洛伊德开了一间诊所（这年晚些时候娶了玛莎），作为一位神经和大脑疾病的专家开始了私人营业，用当时已有的医疗方法治病。可是，很少有病人来，因此当他得到布罗伊尔推荐来的歇斯底里病人时当然就很高兴了。这之前，他在这个课题上刚刚进行过专科进修，他从布罗伊尔的神经学研究院得到一小笔资助，去巴黎接受让·马丁·夏尔科的指导。夏尔科当时是著名的神经病理学专家，还是萨佩特里尔医院的院长。除开其它的方面以外，夏尔科还是歇斯底里现象的发现者。他还是一位技术高超的催眠师，可他只是在向学生展示病人的病情时才去引发歇斯底里。他相信，虽然可能是某种创伤性事件，如铁路上发生的事故等引起的，可是，歇斯底里是一种遗传造成的神经系统软弱，而且他认为这种病是进行性的，并无法逆转。
弗洛伊德一开始受到夏尔科的观点的影响，他处理自己的歇斯底里病人时也如此，就好像精神病的确是由神经上面的毛病引起的一样。他多半使用“电击疗法”，这是当时流行的一种疗法。他把电极接到身体受影响的部分，放出一种轻微的电流，使其产生微颤或者肌肉抽动。他用这种方法取得了一些初期疗效，但是，由于他熟悉催眠术，因而就怀疑，这些效果归因于电流的程度没有暗示的大——他对病人保证说，这种疗法会驱除病症。
想到这里，他开始更直接地使用催眠暗示，不过，这在当时维也纳医学界中是没有得到认可的，且被认为几近江湖骗术。