这次讲座的反应平淡如水，克拉夫特·伊宾告诉他说：“听起来像是一篇科幻故事。”这次讲座之后的几个星期和几个月内，弗洛伊德感到自己被医学界所排挤，感到完全被孤立起来，推荐来的病人数量剧减。可是，尽管他有一阵子还坚守自己的发现，可最终自己也开始不由自主地怀疑起自己的理论到底有没有效。
一方面，他自己在治疗一些曾挖掘出少年时代受到性戏弄回忆的病人时，只不过取得了部分的成功；事实上，有些他认为已经开始好转的人，病还没有治好就放弃治疗了。另外一方面，他越来越难相信父亲对女儿的倒错性行为普遍到了那种程度。由于在无意识当中没有无可争辩的真实指示出来，这些有关受引诱的回忆也许是编造出来的。这个想法真令人灰心丧气，他以为是一项重大发现和“几千年来一个老问题的治病良方”的东西竟然可能是个谬误。尽管到目前，他已经把家庭成员不断增多的家搬到了伯格斯19号一个宽敞的公寓里，而且进展非常顺利，可以享受一份安宁的生活，每年去一次意大利，可是，他还是有很多其它的原因使自己感到很压抑和焦躁不安。1896年，他父亲去世，这件事对他的影响比预期的大得多（他感到自己“被连根拨起”）；布罗伊尔对他的一生帮助甚多，可不能够接受他越来越激进的精神病理论与治疗方法，他们之间的友谊分崩离析；尽管他在大学里一直担任着神经病理学讲师的职位，虽然十多年来不拿工资，可这是份值得人尊敬的工作，但是，他一直就没有被评为更受人尊敬的教授，否则会对他的事业大有帮助。因为所有这些原因，弗洛伊德的精神症状开始加剧，特别是他对钱的事情担心，对心脏病的担忧，挥之不去的死亡念头，还有对旅行的害怕，这使他不可能去参观罗马，尽管他极想去，但一想到这一点他又产生了无法解释的恐惧感。
1897年夏天，41岁的弗洛伊德开始对自己进行心理分析，企图理解并解决掉自己的精神毛病。从某种程度上来讲，他在分析自己的一些梦的时候已经开始这样做了，可是现在，他每天耽于对自己的详细分析，非常卖力，非常有系统。笛卡儿、康德和詹姆斯——甚或还有苏格拉底——都曾检查过他们各自的意识思想，可只有弗洛伊德想到要去揭开自己的无意识思想的秘密。
自我分析在词汇上可能是个矛盾。一个人怎么可能指导又被指导呢？同时既是分析师又是被分析者？一个人怎么可能既是病人也是治疗者，他这个病人是怎样把感觉传过去给自己的医师来分析的？可是，没有任何人受过这样的培训，或者有资格去当弗洛伊德的分析师，他只好自己来做了。可是，在某种程度上，他请威尔汉姆·弗里士来做他的代理分析师，因为他对威尔汉姆有很强的依赖感。弗里士虽然是位耳鼻喉科专家，可他也有很多方面的兴趣，包括心理学，还就此发展过自己的一些理论，有些理论非常不错，还有一些是神密和荒诞的。弗洛伊德经常和定期给弗里士写信，把他的研究和自我分析当中发生的一些事情告诉他，还不时地与他见面，就是弗洛伊德所谓的“开会”——两人聚在一起两三天，激烈地讨论他或者弗里士的工作和理论。弗里士给弗洛伊德的回信不复存在，他们在聚会中的谈话也没有记录留下来。可是，一般相信，他在自我分析中是帮了忙的，或者至少，弗洛伊德在把自我分析的结果告诉一位可信赖的人的时候，是理清了自己的思路的。
一连数年，弗洛伊德每天花时间用自由联想和对每天晚上做的梦的检查，来寻找隐藏的回忆、早期的经历和隐藏在每天的愿望、情感、说话走题和很小的记忆消失后面的一些动机。他要了解自己，并且通过他自己来理解全人类共通的心理现象。“这种分析比任何别的分析都要困难些，”他在这个过程的早期对弗里士说，“可我相信，应该做这件事，而且也是我的工作当中一个必须经历的过程。”一次又一次，他以为已经做完了，哪知发现并非如此。一次又一次，他走入了死胡同，努力找寻一个出口——终于找到了，如他后来在一封信中所言：
在我的内心，我现在体会到了我自己作为第三方看到在我的病人身上所经历的所有事情——一天接一天，我陷入情绪的谷底，因为这天的梦、幻想或者情绪我一点也没有理解，可在别的日子里，当一束亮光把一种连贯带到图景之中时，以前消失的一切又一次作为目前的铺垫而显示出来。
毫不奇怪，这工作很难做。他是在揭示他自己的“粪堆”，如他所言，是一些因为令人难堪或者会产生内疚感而深藏起来的记忆，比如他在儿童期对一位兄弟的妒嫉（他在摇篮期就死掉了，从而在弗洛伊德的心中留下了永恒的内疚感），他对父亲又恨又爱的矛盾感情，而且特别是有一个时期，约在两岁半的时候，他看见自己的母亲光着身子，而且自己有了性冲动。
欧内斯特·琼斯在他为弗洛伊德写的一篇划时代的传记中说，这次自我分析并没有产生什么神奇的效果，弗洛伊德的精神毛病和对弗里士的依赖，实际上在一些令人烦心的材料曝光出来的头一年左右就已经非常明显了。可是，到1899年的时候，弗洛伊德的症状有了很大的好转，感觉比四五年以前好多了。到1900年，这个任务已经在很大程度上完成了，不过，在他后来的一辈子当中，他还是坚持把每天最后半个小时用来分析自己的情绪和体验。
这次自我分析，据大多数弗洛伊德研究学者的说法，尽管不太完善，可产生了很多个人好处，而且得出了一个更大的成果。弗洛伊德通过这个方法形成了很多有关人类本质的系列理论，或者确证了他与病人在一起时体会到的一些理论。
这些理论当中最重要的一个是，儿童，哪怕是在其早年，的确就存在很强烈的性感觉，他们特别容易包含受到父或母的性吸引，通常都是与自己性别相反的父或母。可是，儿童感觉到，这些欲望和幻想在父母和别的成人眼中是如此的邪恶，以致于他们只得将这些东西深理进无意识之下，并忘记掉自己曾经有过这些冲动或者欲望。
现在，弗洛伊德终于理解，为什么有这么多的病人都说自己在儿童时期受到过引诱。他们所揭示出来的“记忆”是一些儿童期的幻想，而不是事实上的引诱。他一直就走在正确的道路上，只是没有前进到可以探索精神真实的地步。杰弗里·梅森宣称，弗洛伊德放弃了他的引诱理论，是因为它得罪了他的医生同行们，而且于营业不利。可是，事实上，弗洛伊德的同时代人发现他的新儿童性欲和乱伦欲望理论比引诱理论更令人产生敌意。当时，弗洛伊德尽管对钱有所顾忌，尽管有孤立感，还有他希望得到尊重的欲望，还是感到非把真实情况公布出来不可，而且也的确这么做了，一部分是在1900年发表的，1905年更全面地发表了这个主张。
到1900为止，他已经不止发明了一种新的精神疗法和发现了儿童期性欲。他还研究出了一系列高度连贯的人类心理学理论，正常人和非正常人心理学都在内。尽管他吸取了一些心理学家最新的发现和一些观点（法国心理学家彼尔·热内甚至可以起诉弗洛伊德剽窃他所谓的“潜意识”观点），可在弗洛伊德的著作当中很有创意的部分——而且绝大部分就是的——都是来自他对自己和病人的思想通过一种形式的探索而得来的，在这个基础上，心理学史上没有任何人超过他。
动力心理学：早期的陈述
使弗洛伊德极为出名，也深刻地影响了西方文化的一些理论，描述的是纯粹心理学意义上的精神过程。弗洛伊德曾经是机械生理学的门徒之一，这种理论把所有的精神现象都说成是可以使用，或者以后可以用生理学术语来解释的。直到他放弃了这个观点之后，他自己才有了重大的发现。
弗洛伊德在转入催眠疗法和心理分析法以后，曾依附过生理学的一些理论。1895年，即他和布罗伊尔发表主要用生理学方法探讨歇斯底里症的《癔病的研究》的那一年，他起草了8页的“科学心理学项目”的草稿，在这份草稿里，他雄心勃勃地要利用在大脑里发生的生理学现象来解释精神过程。虽然他的“项目”当中包含了他自己的一系列刚露芽的心理学理论，可是，它解释这些理论所用的术语却都只是下面这些物理学上的术语，如运动法则、神经元当中的神经激发数量、这种能量的惯性，或者释放，释放的通道，以及能量守恒的原则。
弗洛伊德把草稿送给弗里士，可他自己却狠劲地批评它，而且还没有写完。他发现，神经科学还没有先进到可以使用这种方法的程度，跟威廉·詹姆斯一样，他感觉到，心理学在目前还只能以心理学的方法去对付思想和感情。弗洛伊德在把他的“项目”寄出去之前写信给弗里士说：“我再也不能理解我借之筹划出来的思维状态……它好像就是纯粹的胡言乱语。”几年以后，他又说：
我一点也不想让心理学就这样悬在空中，没有一个有机的基础。可是，在这个确认的感觉（即应该有这样一个基础存在在那里的）之外，我什么东西也没有，理论上的也好，治疗方法上的也好，都没有，无法借此进行工作，因此，我只好假装自己所面对的仅仅就是心理学上的因素。